前几年，一直用Linuxshell来跑组学数据。效率还不错，但是在标准化分析过程中，很多步骤还是需要人工选择，不利于组内师生的使用，而且程序可移植性差。因此打算用snakemake来搭建一些组学的生信流程，提高工作效率。
第一个问题snakemake的用途和优势？
第二个问题snakemake的安装和用法？
一、snakemake的用途和优势
Snakemake是创建可复制和可扩展数据分析的工具，基于python语言来描述，可以无缝的扩展到服务器、集群、云环境等，而无需修改程序流程。而且snakemake工作流中的软件一次部署，永续利用。
二、Snakemake的安装和用法
1、Snakemake安装
snakemake官方文档中有两种方法安装，分别是conda和pip，俺建议conda。
conda安装有一个问题，就是响应时间慢，因此首先安装mamba软件：
condainstall-cconda-forgemamba
snakemake安装，建议全安装，虽然占用空间，但是一步到位：
mambacreate-cconda-forge-cbioconda-nsnakemakesnakemake
上述脚本建立snakemake虚拟环境，启动：
condaactivatesnakemakesnakemake--help
2、Snakemake基本用法
snakemake的流程是靠每条rule进行串联，一个rule的输出作为另一个rule的输入，在流程分析上有很大优势：
#Anruleexample#NAME代表ruleNAME:input:"path/to/inputfile","path/to/other/inputfile"output:"path/to/outputfile","path/to/another/outputfile"shell:"some